I diversificati habitat presentano una fauna e una flora caratteristiche.  L'America del Sud è il continente degli uccelli, e la varietà di specie ornitologica si spiega con il clima tropicale, con la ricchezza delle piante e di insetti.
Nella puna gli uccelli nidificano al suolo o tra le rocce, data l'assenza di alberi, tra questi troviamo il condor o avvoltoio delle Ande, il più grande dei rapaci, che è re nella piramide ecologica dell'ambiente andino insieme al puma, in via di estinzione.

 Sulle Ande vivono 4 specie di camelidi, tra cui in Cile il vicuña (vigogna), parente dell'alpaca, e il guanaco della Patagonia, i quali sono estremamente importanti per l'economia locale sia per la carne che per le lane pregiatissime: Gli spagnoli utilizzarono i camelidi, soprattutto il lama, per il trasporto dei minerali dalle miniere, caricandoli fino al limite dalla loro resistenza arrivando alla loro quasi estinzione. Stessa sorte stavano avendo anche la vigogna e l'alpaca, entrambe ricercate per la loro pregiata pelliccia dalla lana preziosa e morbida.
Nel Salar de Atacama, una immensa pianura coperta di sale, si potranno osservare splendidi esemplari di fenicotteri rosa che nidificano in queste zone. Nella Penisola di Valdes - Ushuaia, si può osservare la colonia di pinguini di Punta Tombo dove ci sono oltre un milione di pinguini di Magellano che giungono tra settembre ed aprile per partorire i propri cuccioli.

Inoltre, si possono osservare leoni marini e cormorani. Nella penisola di Valdes, paradiso naturale, con colonie di elefanti e leoni marini e a Puerto Piramides per vedere le colossali  balene. Nella Patagonia oltre al guanaco, parente del lama andino, vi sono: armadilli, lepri patagoniche (tipo di roditore a zampa lunga),  pipistrelli e il lupo delle Ande e le volpi della Patagonia. Ci sono oltre 200 tipi di uccelli tra residenti e migratori (addirittura pappagalli, fenicotteri e colibrì).

Sei specie di foche, 27 di cetacei, leoni marini, lontre e nutrie completano il profilo della fauna di questa affascinante terra.
Al Parco Nazionale vive l'oca Kelp o Papera a Vapore.  Nella Terra del Fuoco vi sono: volpi, lontre e pinguini. Delle specie animali  introdotte dall'epoca della conquista, come la capra, il coniglio e il visone, il cavallo, il bue , solo per norminarne alcuni, sono risultate risultate dannnose per l'ecosistema di alcune zone del paese.
Ma il peggior pericolo è rappresentato dall'uomo che, con la caccia indiscriminata e la distruzione dell'habitat naturale, ha ridotto alcune specie in via di estinzione.